一、五种常见格式对照
数字切片（Whole Slide Image，WSI）没有统一格式，每家扫描仪厂商用自己的封装。你拿到的文件后缀，基本能反推出是哪台机器扫的。
| 后缀 | 厂商 / 设备 | 常见程度 | 特点 |
|---|---|---|---|
| .svs | Aperio / Leica | 最常见 | 基于 TIFF 扩展，兼容性最好 |
| .ndpi | 滨松 Hamamatsu（NanoZoomer 系列） | 常见 | 基于 TIFF，内含多级金字塔 |
| .mrxs | 3DHISTECH（Pannoramic 系列） | 较常见 | 是文件夹形式：一个 .mrxs + 一个同名目录 |
| .vsi | Olympus | 较少 | 同样是文件夹形式 |
| .tif / .tiff | 各家通用导出 | 通用 | 金字塔 TIFF，文件更大但兼容性最好 |
最容易踩的坑：.mrxs 和 .vsi 是"文件夹"
这两种格式除了一个主文件，还有一个同名目录装着分块图像数据。拷贝或寄送时必须整个目录一起，只发一个 .mrxs 文件对方一定打不开。这一点在数据交接时特别容易出问题。
二、每种格式用什么软件打开
| 软件 | 支持格式 | 费用 | 适用场景 |
|---|---|---|---|
| QuPath | svs、ndpi、mrxs、vsi、tif | 免费开源 | 看片 + 定量分析，科研首选 |
| NDP.view2 | ndpi | 免费 | 滨松官方看图，轻量好用 |
| CaseViewer | mrxs | 免费 | 3DHISTECH 官方 |
| Aperio ImageScope | svs | 免费 | Leica 官方 |
| ImageJ / Fiji | 需装 Bio-Formats 插件 | 免费 | 做图像处理后处理 |
| HALO / Visiopharm | 多数格式 | 商业授权 | 商业级 AI 定量 |
三、免费方案：QuPath 一个搞定
如果你不想装五个软件，直接上 QuPath。它是开源免费的，支持上面所有格式，Windows / Mac / Linux 都有。
基本操作：
- 官网下载安装（qupath.github.io），选对应系统版本
- 把文件拖进窗口，或者 File → Open
- 滚轮缩放，拖动平移；右侧面板可以调亮度、对比度、通道
- 菜单栏 View → Show grid / Show scalebar 可以加网格和比例尺
- 需要导出某块区域：矩形工具框选 → 右键 → Export region
QuPath 的一个隐藏优势
它把"看图"和"分析"放在一起。你在同一个界面里既能看形态，又能框选区域算阳性面积、数细胞、做组织分类，不用在两个软件之间倒数据。这一点比官方看图软件强很多。
四、格式能不能转换
能，但有代价。
- 转成金字塔 TIFF（.tif）：最通用，几乎所有软件都能开。用 QuPath 或 vips 可以做，缺点是文件更大（通常 1.5–2 倍）。
- 转成 svs：需要 Leica 的工具，一般用户做不了。
- 直接截图：最简单的"转换"，但会丢失可缩放性，等于退化成拍照。
建议：拿到什么格式就用什么格式，不要折腾转换。如果确实需要通用格式，让扫描服务商直接导出 TIFF 金字塔，比自己转更可靠。
五、投稿要导出什么格式
期刊要的不是"数字切片文件"，是图片。常见要求：
- 分辨率：300 dpi 以上，多数期刊要求 300–600 dpi
- 格式：TIFF 或高质量 JPEG（部分接受 PNG）
- 单张尺寸：宽度通常 8–17 cm（单栏 / 双栏）
- 比例尺：必须加，且要标在原图上，不能后期 P
从 QuPath 导出的正确做法：
- 调整好缩放级别（通常按目标期刊要求换算成对应倍率）
- 加比例尺：View → Show scalebar
- File → Export → 选 TIFF，设置 dpi 为 300 或以上
- 导出后检查文件大小，超过期刊上限就降 dpi 或裁切
六、文件太大怎么办
单张全片 200 MB–2 GB，几十张就是几十 GB，电脑和网盘都吃不消。几个办法：
- 只要图像，不要原始数据：让服务商导出压缩后的金字塔 TIFF，体积能小一半。
- 分层保存：原始文件存移动硬盘或冷备份，日常工作用导出的局部图。
- 按需裁切：投稿只需要几个区域，从全片里裁出来存小文件即可。
- 用外部存储：NAS 或大容量移动硬盘，别指望笔记本装得下。
下单前一定要问的问题
"原始数据你们保存多久？"有些服务商交付后 30 天就删，等你想重新导一张图的时候发现没了。建议要求至少保存 90 天，或者自己第一时间备份。