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DNA 足迹分析实验简介

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martin
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一、实验简介：
DNA足迹分析实验（DNase I footprinting）主要用于鉴定DNA的结合蛋白（比如转录调控蛋白）在DNA分子上精确的结合位点。如转录调控蛋白是通过与启动子区域结合从而调控靶标基因的转录。常用的体外研究工具，一般是凝胶迁移实验（EMSA）和DNA足迹分析实验进行组合：凝胶迁移实验可用于确定转录因子是否与DNA有直接结合，而DNA足迹分析实验还可以精确鉴定与其结合的DNA序列，进而帮助我们研究基因转录的调控机制。以往DNase I足迹分析实验人们常用同位素来标记，不但危险，而且花费时间比较长、对操作技术要求较高、成功率低。
 采用“荧光标记”结合ABI测序仪的方法进行DNase I足迹分析实验。其优点有：可以精确定量DNA，且能在常规实验台上操作；可重复性好于同位素操作；另外ABI测序仪的操作体系已非常成熟，灵敏度高，重复性好。所以，荧光标记法有更高灵敏度，获得的保护区域也更加清晰，且图片的质量更好一些。

二、主要流程：
蛋白与探针结合→DNase I梯度酶切→ABI测序仪检测→确定检出的蛋白保护序列。
三、服务信息：
服务项目 说明 周期
探针制备及与蛋白结合 客户提供准确的DNA结合蛋白的序列范围序列，或根据文献设计探针合成 2周
DNase I梯度酶切 需要进行反复摸索条件达到对DNA部分酶切的效果。 3周
ABI测序仪检测 检测结果进行图片与数据处理，确定检出的蛋白保护序列，并提供可发表图片。 1周
四、需客户提供：
4.1 提供样品：
1) 纯化的蛋白；
2) DNA样品及引物序列。
4.2 提供信息：
1) 提供EMSA结果图及实验参数以便于接下来的DNase I足迹分析实验。
五、交付结果：
1) 原始数据、结果图片；
2) 完整的实验报告(含实验步骤、流程及试剂耗材厂家)。

 

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