基因测序

分子实验——MLST实验 实验介绍 多位点序列分析（MLST）是在多位点酶电泳的基础上提出的以核苷酸序列为基础的一种细菌分型方法，它们都是基于同一种属的细菌均含有保守性较高的“管家基因”，但对于不同的...

分子实验——菌种鉴定 实验介绍 菌种鉴定一般就只要提取基因组DNA，然后PCR扩增16s rDNA片段，上机测序之后，上GeneBank或者Eztaxon对比即可。一般序列相似度在99%以上就可以认为...

分子实验——SNP实验 实验介绍 SNP即单核苷酸多态性，是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性。通过常规PCR实验，对目标位点的片段进行扩增测序，再通过NCBI blast比对确定目标位点是否存...

分子实验——Southern 杂交 实验介绍 Southern印迹杂交是进行基因组DNA特定序列定位的通用方法，Southern Blotting是将基因组总DNA酶切，通过琼脂糖凝胶电泳分离，变性之...

（一）背景介绍 微生物多样性是基于 Illumina 测序平台，利用双末端测序（Paired-End）的方法， 构建小片段文库进行测序。通过对 Reads 拼接过滤，序列去噪或者OTUs（Operat...

一、技术简介：基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行全基因组范围的测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性（SNP、InDel 和 SV 等）分析。基于基因组重测序技术，可以快速进行资源普查筛选，寻...

一、技术简介：简化基因组测序（Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS）是对部分基因组进行序列测定。它是指利用生物信息学方法，设计标记开发方案，富集...

一、技术介绍：Sanger法测序是利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物，直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dN...

细菌具有5S, 16S, 23S三种rRNA，其中5S rRNA序列较短，包含的细菌遗传信息量少，不适合用于分析鉴定细菌种类，而23S rRNA序列较长，且碱基突变速率要比16S rRNA快得多，不适...

一、背景介绍转座子(transposon)是一类可以自主位移并插入宿主基因组中随机位点的移动遗传因子，这种转位特性使它可以直接或间接地造成基因重排，引起基因变异。随着许多微生物基因组全序列的获得，人们...