基因组重测序简介

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一、技术简介:

基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行全基因组范围的测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性(SNP、InDel 和 SV 等)分析。基于基因组重测序技术,可以快速进行资源普查筛选,寻找到大量遗传变异,实现遗传进化分析及重要性状候选基因的预测。随着测序成本降低以及拥有参考基因组序列物种增多,基因组重测序成为研究遗传育种和群体进化的有效方法。

二、技术优势:

1、在全基因组水平检测与表型关联的高频、低频、甚至是罕见的点突变及结构变异信息;

2、对于个体样本,可获得全面的基因组突变谱信息;

3、对于群体样本,可进一步研究物种的进化历史、环境适应性、自然选择和性状定位。

三、测序策略:

HiSeq 4000,PE150。

四、技术路线:

基因组 DNA→DNA 随机打断(200~500bp)→文库构建→上机测序→数据分析。

五、分析内容:

1、原始数据过滤及质量评估;

2、参考基因组比对;

3、SNPs、InDel 检测及在基因组的分布;

4、CNV、SV 检测及在基因组的分布;

5、变异基因 GO 分析;

6、变异基因KEGG 分析。

六、样本类型:

1、细胞,组织,全血,总 DNA 等;

2、总 DNA 起始量:5 μg,最低 0.5 μg,浓度≥300 ng/μL(Qubit 定量)。

七、代表性文章:

Patch A M, Christie E L, Etemadmoghadam D, et al. Whole–genome characterization of chemoresistant ovarian cancer[J]. Nature, 2015, 521(7553):489-94.

基因组重测序简介

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martin
  • 本文由 发表于 2025年3月20日 12:15:10
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匿名

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