微卫星标记（STR SSR）实验技术服务简介

一、微卫星标记服务介绍：

微卫星标记（Microsatellite）也称为短串联重复序列（STR）或简单重复序列（SSR），是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。微卫星位点通常通过PCR扩增和电泳检测，并根据片段大小分离等位基因进行分析；扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测，传统方法采用聚丙烯酰胺凝胶电泳加放射显影或银染的方法，费时费力效率低。科沿有道利用ABI遗传分析仪对荧光标记的DNA片段进行检测，结合分子量内标进行DNA片段长度计算，使STR分型变得快捷效率高，结果也更加准确。

二、PCR-ISSR实验路线：

（1）前期确认阶段：试验样本类型，数量，引物，签订试验合作合同。

（2）试验收费内容：DNA提取，PCR+电泳检测，分析。

（3）试验阶段：DNA提取，PCR扩增，电泳检测。

（4）数据分析：与客户详细沟通，确认分析方案：读取01矩阵；聚类分析；多样性分析；态位点数(AP)、多态位点百分率(P)、平均等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei′s基因多样性指数(H)、Shannon′s信息指数(I)、遗传分化度(Gst)等。利用NTSYS进行聚类分析。

三、服务项目：

（1）基因组DNA提取、扩增、毛细管电泳检测；

（2）按照客户实验的要求,设计实验方案。包括：荧光标记的选择，M13接头引物、实验条件摸索，内标的选用等等；

（3）合成荧光引物和接头引物；

（4）根据所设计的实验方案用引物完成PCR扩增；

（5）M13-SSR技术结合了SSR与荧光检测优点，M13具有通用性成本相对较低；

（6）GeneMarker软件对收集到的数据进行初步处理分析,片段大小的精确分析和等位基因判读解析列到Excel表格中，为客户下一步进行关联分析或连锁分析等遗传分析提供数据可靠的数据。

四、技术服务优势：

（1）成熟的技术平台：美国应用生物系统公司ABI 3130XL基因分析仪、GeneMarker分析软件；

（2）多重检测：如果客户研究的位点较多，为了节约成本，实验室一个泳道可以同时检测3-5种不同的荧光；

（3）周期短：散样一般是从收到订单时起，检测上机只需24~48小时即可收到结果，默认仅提供审核复检。

五、送样要求：

★ 基因组DNA：

●浓度为50~100ng/μL;

●2%琼脂糖电泳检测有DNA主带，没有降解；

●DNA经过DNA纯化试剂盒或磁珠纯化；

●DNA需溶解在TE或灭菌的去离子水里；

●DNA溶解后，肉眼看不到杂色。

★植物材料：新鲜组织，叶片采用硅胶干燥后或干冰运输。

★动物材料：新鲜组织，无水乙醇封存低温运输。

六、检测结果内容：

（1）ABI3730XL电泳的原始文件（fsa格式）和分析文件；

（2）每个样品孔样品毛细管电泳峰图（JPG格式）；

（3）按位点导出峰图、EXCEL (位点信息表，峰值高度，峰值大小，峰值面积，等位基因数,0-1矩阵)；

（4）聚类分析；

（5）实验报告。